Основой фамилии Хомкалов послужило мирское имя Хомкал. Фамилия Хомкалов образована от охранительного мирского имени Хомкал, которое восходит к диалектному глаголу «хомкать», то есть «кашлять». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Хомкалом. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии лежит прозвище Хомкал, которое получил больной, постоянно кашляющий человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хомкал, со временем получил фамилию Хомкалов.