Мужское крестильное имя Фома в переводе с арамейского означает «близнец». В основу фамилии легла производная форма этого имени – Хомка (Фома < Хома < Хомка). Согласно другой гипотезе, фамилия Хомка образована от мирского имени Хомка, восходящего к распространенному в вятских говорах глаголу «хомкать» - «кашлять». В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Хомкой.