Фамилия Хомушкина — женская форма, а мужская, Хомушкин, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс в русских фамилиях обычно указывает на происхождение от отца или прозвища: чей? — Хомушкин, то есть сын или потомок Хомушки. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Хомушка, которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательной формой от более старого прозвища Хомут.

Слово «хомут» в русском языке имеет два основных значения. Первое, прямое — часть конской упряжи, кожаное или металлическое кольцо с подкладкой, надеваемое на шею лошади. Второе, переносное — в говорах так называли тяжелую, обременительную работу, «хомут на шее». Прозвище Хомут могли дать крепкому, коренастому человеку (сравнение с упряжью по форме или силе), либо тому, кто постоянно брал на себя чужие заботы и обязанности — «тащил хомут». Встречается и версия, что Хомутом в некоторых регионах дразнили медлительного или неповоротливого человека, но она менее распространена.

Модель образования фамилии Хомушкин — через уменьшительный суффикс -ушк- — характерна для северных и центральных областей России, где часто использовали ласкательные или ироничные варианты имен и прозвищ. То есть Хомушка — это не просто Хомут, а Хомут в уменьшительной форме. Такая форма могла смягчать прозвище, делать его более бытовым и семейным. Похожая цепочка: Козёл — Козушка — Козушкин, Пётр — Петрушка — Петрушкин.

Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена. Хомушкины могли быть крестьянами, мещанами или купцами. В документах XIX века фамилия встречается в основном в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — регионах с развитым коневодством и сельским хозяйством, где слово «хомут» было частью повседневного обихода. Это косвенно подтверждает, что прозвище родилось из бытового, а не книжного контекста.