Фамилия Хомутинская — типичный пример «географической» фамилии, образованной по модели, характерной для польской, украинской и белорусской шляхты, а затем и для русского дворянства и духовенства. Суффикс -ск- указывает на связь с местом: такую фамилию получал либо владелец имения, либо выходец из населённого пункта с названием Хомутино, Хомутин или Хомутинск. Основа фамилии — «хомут», часть конской упряжи.

Вероятнее всего, предок носительницы фамилии был либо помещиком, владевшим деревней Хомутино, либо переселенцем, которого записали по месту прежнего жительства: «из Хомутина» — Хомутинский, а в женском роде — Хомутинская. Такие фамилии на -ский/-цкий в XVIII–XIX веках часто давали выпускникам духовных семинарий, меняя бытовую фамилию на более благозвучную. Поэтому не исключено, что Хомутинская — это семинарская фамилия, произведённая искусственно от названия села, где родился будущий священник.

Само село или деревня с корнем «хомут» встречаются в России нередко — например, Хомутино есть в Челябинской, Московской, Вологодской областях. Название таких сёл обычно связано либо с прозвищем первого жителя (Хомут — человек с полной, «запряжённой» фигурой или упрямый), либо с ремеслом — изготовлением хомутов.

Мужской вариант фамилии — Хомутинский — встречается чаще женского, что естественно: женская форма грамматически указывает на принадлежность к роду (дочь или жена Хомутинского). В современной России фамилия редкая, сосредоточена в основном в центральных областях и на Урале.

Спорных версий происхождения немного: связывать корень с тюркским «хому» (песок) или с диалектным «хомутать» (медлить) маловероятно — слишком очевидна связь с общеславянским словом «хомут», которое не требует иноязычных толкований.