Фамилия Хонякина — женская форма фамилии Хонякин, и её разговорный вариант может звучать как Хонякина или Хонякина (с ударением на второй или третий слог). В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Хоняк. Это типичная для русского Севера и Поволжья модель образования фамилий с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — сын Хоняка, Хонякины дети.

Корень «хон-» в русских говорах многозначен, и здесь возможны две основные версии. Первая: от слова «хон» или «хонь» — в диалектах так называли ленивого, вялого человека, а также болтуна или пустомелю. В Словаре русских народных говоров «хоня» — это не только лентяй, но и плакса, нытик. Вторая версия: уменьшительная форма от крестильного имени Хоний (греч. «встречающий» или «гостеприимный»). В народе редкое каноническое имя быстро обрастало обиходными вариантами: Хоня, Хонька, Хоняк. Фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого в деревне звали Хоняком — либо по характеру, либо по имени.

Суффикс -як в основе (Хоняк) характерен для прозвищ, образованных от глаголов или качественных прилагательных: он придаёт оттенок носителя признака. То есть Хоняк — это человек, который «хонит» (ноет, ленится) или просто Хоня по прозвищу.

Фамилия редкая, сконцентрирована преимущественно в центральных и северных областях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской губерниях. Встречается и у старообрядцев, где часто сохранялись архаичные прозвищные фамилии. В дореволюционных метрических книгах Хонякины записаны в основном как крестьяне и мещане.

Однокоренные фамилии — Хоняков, Хонин, Хонев — образованы от того же корня, но с другими суффиксами. Хонякина стоит в ряду патронимических фамилий на -ин, которые в женском роде не меняют основу, а только окончание.