Фамилия Хоняков на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Она образована по стандартной русской модели: к основе «Хоняк» добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Хоняка» или «принадлежащий Хоняку». Ключевой вопрос — откуда взялось само слово «Хоняк».

Самая распространённая версия связывает его с диалектным глаголом «хонять» или «хонюкать», который в ряде говоров означает «ныть, жаловаться, хныкать». В таком случае Хоняк — прозвище человека плаксивого, вечно недовольного или капризного. Эта гипотеза подкрепляется существованием однокоренных фамилий Хонякин, Хонев и просторечного слова «хоня» в значении «нытик». Однако не стоит торопиться с выводом: прозвища часто давались с иронией или «от противного», так что носитель мог быть, наоборот, человеком суровым и молчаливым.

Вторая, менее очевидная версия — связь с украинским или белорусским словом «хоня», которое в некоторых диалектах обозначает «хорёк». Это мелкое хищное животное, известное своим запахом и ловкостью, могло стать прозвищем для юркого, хитроватого или нечистоплотного человека. Подобные «звериные» прозвища (Бобров, Лисов, Зайцев) в русской ономастике встречаются сплошь и рядом, так что и «хорёк» вполне мог дать начало фамилии. Географически эта версия имеет право на существование: фамилия Хоняков встречается не только в центральной России, но и в южных и западных регионах, где влияние украинского языка сильнее.

Наконец, существует маловероятная, но упоминаемая в любительской ономастике гипотеза о связи с тюркским именем Хоняк (уменьшительное от Хон — «солнце» или титул «хан»). Прямых лингвистических подтверждений этой версии нет, и в серьёзных словарях она не фигурирует. Если бы фамилия имела тюркские корни, её написание и распространение в XVI–XVII веках выглядели бы иначе.

С точки зрения сословной принадлежности, Хоняковы — скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда у простых людей стали массово появляться фамилии. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Гербовнике» не зафиксировано. Если искать фамилию в исторических документах, стоит обратить внимание на писцовые книги и ревизские сказки южнорусских губерний — Курской, Воронежской, Тамбовской, где фамилия встречается наиболее плотно. В современной России Хоняковы живут в разных регионах, но заметного следа в большой истории не оставили, что для массовой фамилии совершенно нормально.