Фамилия Хоньяков — редкий случай, когда написание заставляет сомневаться в произношении. Скорее всего, её носители произносят фамилию с ударением на второй слог: Хоньяко́в. Но на слух она почти неотличима от гораздо более распространённой фамилии Ханьков или Ханяков. Ключ к разгадке — буква «ё», которая, как часто бывает в фамилиях, со временем превратилась в «е» или «о» на письме. В основе, по всей видимости, лежит не имя Хоня, а имя Фоня — уменьшительная форма от Афанасий. В русских говорах, особенно на юге и западе, начальное «ф» часто заменялось на «хв» или просто «х»: получалось Хоня вместо Фоня. Отсюда и фамилия Хонькин, и её вариант с суффиксом -яков — Хоньяков.

Суффикс -яков в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на западнорусское или украинское влияние. По модели образования Хоньяков — это «сын Хони» или «потомок Хони». В отличие от фамилий на -ин (Хонькин), которые прямо указывают на родство, суффикс -яков мог закрепляться за человеком по прозвищу отца, но с оттенком принадлежности к роду, а не к конкретному лицу. Встречается такая модель в смоленских, брянских и псковских землях, где смешивались русские и белорусские говоры.

Версия с тюркским корнем маловероятна. В татарском или башкирском языке слово «хон» (хан) могло бы дать фамилию Хонов или Ханов, но форма Хоньяков для неё нехарактерна. Мягкий знак и суффикс -як выдают славянскую, а не тюркскую природу. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — крестьянская или мещанская фамилия, образованная от канонического имени Афанасий через просторечную форму Хоня.

Сословная принадлежность предков Хоньяковых, скорее всего, была крестьянской или однодворческой. Фамилии на -яков в центральных губерниях России (Тульская, Рязанская, Калужская) часто встречались у однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи. Если фамилия происходит из этих мест, то предки могли быть не крепостными, а государственными крестьянами или мелкими служилыми людьми. Точных географических данных по фамилии Хоньяков в открытых источниках мало, но характерный суффикс и редкая основа указывают на локальное бытование — возможно, в пределах одной-двух губерний.