Фамилия Хонякова — женская форма от Хоняков, и её разбор стоит начать с суффикса. Перед нами типичная патронимическая модель на -ов, указывающая на происхождение от отца по имени или прозвищу: «чей?» — Хоняков, то есть сын Хоняка. Основа здесь — Хоняк. Это либо прозвище, либо уменьшительная форма от канонического имени, причём не самого частого.

В русской ономастике слово «хоня» зафиксировано в диалектах. В ряде говоров, особенно южнорусских и украинских, «хоня» или «хонька» — пренебрежительное название неопрятного, неряшливого человека, грязнули. В. Даль в своём словаре приводит «хоня» как бранное слово, означающее «растяпа» или «неряха». Соответственно, Хоняк — человек, получивший такое прозвище за небрежность в одежде или поведении. Версия с именем тоже существует: Хоня могло быть народной формой крестильного имени Хонор или Фоний (от греч. «светлый»), но это предположение менее убедительно — таких форм в быту почти не осталось, а прозвищная основа очевиднее.

Стоит обратить внимание на редкость фамилии. Хоняковы не входят в число распространённых русских фамилий, не упоминаются в массовых боярских списках и дворянских родословных. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: фамилию закрепили за потомками человека с характерным прозвищем в XIX веке, при массовом учёте населения. Регионально фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где диалектное слово «хоня» было в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хонин, Хоньков — показывает, что все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Хонякова выделяется суффиксом -ак, который в русских фамилиях часто придавал прозвищу оттенок постоянного признака или профессии (ср. Рыжак, Гуляка). Таким образом, Хоняк — не случайное прозвище, а устоявшаяся характеристика, данная предку за его манеру жить. Носительница фамилии Хонякова может смотреть на это без обиды: за века значение стёрлось, и фамилия стала просто родовым именем, а не обидной кличкой.