Фамилия Хоняева — одна из тех, где исходное прозвище или имя спрятано за суффиксами, и добраться до корня можно только через историю русских говоров. Основа здесь — Хоня. Сразу отсекаем версию, что это что-то заимствованное или редкое: Хоня — это просторечная, «домашняя» форма нескольких крестильных имён. Чаще всего так в быту называли Харитона (греч. «щедрый, милостивый») или Фотия (греч. «светлый»). Возможна и связь с именем Хонор (Honorius, от лат. «честь»), но оно было менее распространено на Руси. В любом случае, Хоня — это ласкательное или обиходное сокращение, как Ваня от Иван или Соня от Софья.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Хоняев сын, то есть потомок человека по прозвищу Хоня. Формально фамилия образована по патронимической модели, характерной для русского крестьянства и мещанства. В XVII–XIX веках такие фамилии на -ев закреплялись за теми, чей отец или дед носил прозвище на мягкий согласный (Хоня — основа на -я, поэтому -ев, а не -ов).

Есть, однако, и другая, более редкая, но правдоподобная нить. В русских диалектах, особенно северных и сибирских, слово «хоня» могло означать «хитрец, пройдоха» или «тихоня, скромник» (в зависимости от ударения и контекста). В «Толковом словаре» Даля зафиксирован глагол «хониться» — «притворяться, лукавить, таиться». Если фамилия пошла не от имени, а от такого прозвища, то первый Хоняев мог быть либо человеком себе на уме, либо, наоборот, тем, кого считали скрытным. Вторая версия менее вероятна, но даёт фамилии характерную «некнижную» окраску — такие прозвища в основе часто встречаются у старых крестьянских родов.

Географически фамилия Хоняева не привязана к одной губернии — она встречается и в центральной России, и в Поволжье, и на Урале. Это говорит о том, что перед нами не локальное, а общераспространённое прозвание, которое могло возникнуть в разных местах независимо. В дореволюционных метрических книгах Хоняевы фиксировались в основном как крестьяне и мещане, без следов дворянского происхождения.

Таким образом, большинству носителей фамилии стоит искать корни в имени Харитон или Фотий, а в редких случаях — в диалектном прозвище. Обе версии ведут в одну эпоху: XV–XVII века, когда на Руси окончательно оформлялись фамильные прозвания.