Фамилия Хоньякова — женская форма фамилии Хоньяков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -яков встречается реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. В русской ономастике суффикс -яков обычно указывает на связь с прозвищем или именем, оканчивающимся на -як: Хонь, Хоня → Хоняк → Хоньяков. То есть сначала образовалось прозвище Хоняк (или Хонька), а уже от него — фамилия по отцу.

Основа «Хонь-» — тёмная и неочевидная. Самая вероятная версия: прозвище от диалектного глагола «хонять» или «хонькать». В северных и сибирских говорах так называли человека, который хныкал, ныл или жаловался. «Хоня» — тот, кто постоянно ноет, капризничает. Такие прозвища давали не в обиду, а как бытовую характеристику: например, ребёнку, который часто плакал, или взрослому с ворчливым нравом. Менее вероятно, но допустимо, что корень восходит к тюркским языкам, где «хон» (qon) означает «гость» или «стоянка», — тогда Хоняк мог быть пришлым человеком или тем, кто часто менял место жительства.

В написании фамилии есть особенность: мягкий знак перед -яков. Это не орфографическая случайность, а след живой речи. В говорах прозвище Хоняк произносили с мягким «н’», и на письме это закрепилось. Сравните с фамилиями Копьяков, Ильяков — там мягкость тоже идёт от основы. Если бы основа была твёрдой, писали бы Хонаков, но такой вариант в документах не встречается.

Географически фамилия Хоньяковых редкая. По данным переписей, её носители в основном сосредоточены на северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это как раз зона бытования диалектного слова «хоня» в значении «плакса». Социальный состав — крестьяне и мещане, без следов дворянства. В списках однодворцев и купцов фамилия не отмечена, что подтверждает её простонародное происхождение.

Итог: фамилия Хоньякова образована от прозвища Хоняк (плакса, нытик) через патронимический суффикс -ов. Носители — выходцы из северных русских регионов, предки могли быть крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по характеру.