Фамилия Хорошунин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а качественная характеристика человека, причём поданная через уменьшительно-ласкательный суффикс. Разбираем её по косточкам.

Корень здесь — «хорош-», то есть «хороший». Но не просто хороший, а именно «Хорошуня» — так в старину могли ласково назвать доброго, пригожего или удачливого человека. Суффикс «-ун(я)» в русских прозвищах часто придаёт оттенок нежности или постоянного свойства: говорун, ворчун, хлопотун. Хорошуня — это «вечно хороший», тот, кого постоянно хвалят. От этого прозвища и пошла фамилия по стандартной модели: чей сын? — Хорошунин, то есть «сын Хорошуни».

Интересно, что фамилия избежала типичного для прилагательных суффикса «-ов». Если бы прозвище звучало как «Хорошун», мы бы получили Хорошунов. Но форма на «-ин» чётко указывает на то, что исходное прозвище оканчивалось на «-я» или «-а». Это сразу выводит нас на домашнюю, семейную атмосферу: Хорошуней могли звать не просто на улице, а в кругу родных или близких соседей.

По географии фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — там, где была распространена модель прозвищ на «-уня» (вспомним хотя бы фамилию Воробунин, от «воробуня»). В южнорусских и украинских говорах чаще сказали бы «Хорошенко» или «Хорошун». Поэтому Хорошунин — маркер северного или владимирского происхождения предка.

В ономастических справочниках фамилия нечастотная, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в одном-двух сёлах и распространилась с переселением крестьян. Версия о связи с церковным именем (например, с греческим «Харитон», что значит «милостивый») маловероятна: слишком прямая и ясная русская основа. Перед нами случай, когда предка прозвали по самому простому и тёплому качеству — он был всем хорош.