Фамилия Хорюков образована от прозвища Хорюк. В его основе лежит диалектное слово «хорь» — хищный зверёк из семейства куньих. В переносном смысле хорьком называли злого, драчливого или, наоборот, юркого и пронырливого человека. Суффикс -юк (вместо более привычного -ик) придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или принадлежности: Хорюк — это буквально «маленький хорь» или «сын хоря». Такая модель типична для южнорусских и украинских говоров, где -юк активно использовалось для образования имён и прозвищ (сравните: Костюк, Павлюк, Зайчук).

Сам суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Хорюков — «сын Хорюка». Таким образом, фамилия относится к патронимическому типу, самому распространённому в русской ономастике. Интересно, что прозвища от названий животных в древности давали не столько за внешнее сходство, сколько за характер: хорь — зверёк смелый, но скрытный, способный пробраться в курятник незаметно. Так могли назвать ловкого вора или человека, умеющего выходить сухим из воды.

Встречается и альтернативная версия: связь с глаголом «хорюкать» — в некоторых диалектах это означало «кашлять, хрипеть, издавать гортанные звуки». Тогда Хорюком могли прозвать человека с хриплым голосом или больного. Однако эта гипотеза менее правдоподобна из-за редкости глагола и отсутствия устойчивой традиции таких прозвищ.

Фамилия довольно редкая. По данным переписей, её носители в основном сосредоточены в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, что косвенно подтверждает южнорусское происхождение суффикса -юк. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — скорее всего, предки Хорюковых были крестьянами или мещанами. Встречается также вариант написания «Хорюков» с ударением на второй слог, что характерно для фамилий, образованных от двусложных основ.