Фамилия Хотянина — один из тех случаев, когда суффикс сразу указывает на происхождение. Формант -ин в русских фамилиях образует притяжательные формы: «чей?» — Хотянин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Хотяня. Основа здесь — не полное календарное имя, а его обиходная, разговорная форма.

Корень Хот- восходит к древнерусскому нецерковному имени Хот (или Хотен). В старину это имя давали не в честь святого, а по внутреннему качеству или пожеланию: от слов «хотеть», «хотение». Имя Хот означало «желанный», «долгожданный» ребёнок. Уменьшительная форма Хотяня — это ласковое обращение к такому человеку, как Ваня от Иван или Петя от Пётр. Таким образом, Хотянин — буквально «потомок Хотяни».

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Хотун (от глагола «хотеть» в значении «быть жадным до чего-либо» или, наоборот, «быть настойчивым»). В этом случае Хотяня — та же уменьшительная форма, но прозвищная, а не именная. Однако в ономастике (в частности, в работах С. Б. Веселовского) фиксируются именно личные имена Хот и Хотен, что делает версию с дохристианским именем основной.

Географически фамилия редкая и «молодая» — она почти не встречается в боярских или дворянских родословных XVI–XVII веков. Это типичная крестьянская фамилия, которая закрепилась в северных и центральных губерниях России (Вологодская, Костромская, Ярославская области). Там долго держалась традиция бытовых имён, и отчество «Хотянин» могло стать фамилией только после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по имени отца.

Обратите внимание на ударение: в фамилии Хотянина оно падает на второй слог — Хотянина. Если ударение сдвигается на первый слог (Хотянина), это может указывать на вариант фамилии от прозвища Хотя (от «хоть» — устаревшее «хотеть» в повелительном наклонении), но это ещё более редкая ветвь.