Фамилия Хожайкова — женская форма фамилии Хожайков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Хожай. В русском языке слово «хожай» не зафиксировано в литературных словарях, но в диалектах оно могло означать «ходок», «тот, кто много ходит», «посыльный», «странник». В некоторых говорах «хожай» — это человек, который часто бывает в отлучке, в пути. Отсюда же, возможно, ироничное прозвище непоседы или, наоборот, человека, чья работа связана с ходьбой.

Суффикс -ов в основе Хожайков — типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность: «чей?» — Хожайков, то есть сын или потомок Хожая. Форма на -а (Хожайкова) — женская, стандартная для русского языка.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «хожать» (устар. «ходить, посещать»). В этом случае прозвище мог получить завсегдатай какого-либо места, например, церкви или ярмарки. Однако такая трактовка менее надёжна, так как отглагольные прозвища чаще образовывались с суффиксом -ун (Ходун) или -ак (Ходак).

Фамилия редкая, преимущественно встречается в центральных и южных регионах России, а также среди казачества, где прозвища, связанные с передвижением и службой, были особенно распространены. По сословному составу предки Хожайковых могли быть крестьянами или казаками, но точных данных нет — фамилия не фиксируется в ранних дворянских родословных книгах. Встречается также вариант написания Хажайков, но он ещё реже и может быть связан с другим корнем.