Фамилия Худенатова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Её основа — не прилагательное «худой» в значении «тощий», а краткая форма крестильного имени Худен (Худяк), которое в старину давали как охранительное, чтобы злые силы обошли ребёнка стороной. В народной ономастике имена вроде Некрас, Нелюб, Худяк работали как обереги: считалось, что если назвать младенца «плохим» словом, он вырастет здоровым и удачливым.

Суффикс -ат- в этой фамилии нетипичен для русского словообразования. Обычно фамилии на -атов/-атов образуются от тюркских или кавказских основ, но здесь он, скорее, указывает на принадлежность к конкретному роду или местности. В русских говорах встречается суффикс -ат(а) для обозначения группы людей по общему признаку («ребята», «малышата»). Худенатов — буквально «из рода Худеновых» или «те, кто пошёл от Худена», где Худен — усечённая форма того же имени. Такая модель характерна для северных и сибирских регионов, где фамилии нередко застывали в форме родительного падежа множественного числа (ср. Плетнёвых, Косых).

Есть и другая версия: в некоторых говорах «худенатый» могло значить «непрочный», «ненадёжный» — прозвище человека, на которого не стоило полагаться в деле. Но она менее убедительна: прилагательные с таким суффиксом в русском языке почти не давали фамилий, а вот охранительные имена — сплошь и рядом.

Фамилия Худенатова — женская форма, мужской вариант — Худенатов. Встречается она редко, сконцентрирована в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о переселенческом происхождении: в этих краях в XVII–XVIII веках оседали выходцы из северных уездов, где и были в ходу «худые» имена-обереги.