Фамилия Худенёва — женская форма фамилии Худенёв. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ев». Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Худенёв — сын Худеня. Мужская основа оканчивается на мягкий согласный или -й, поэтому здесь -ев, а не -ов.

Главный вопрос — что значит прозвище Худень. В русских говорах слово «худой» имело не только значение «тощий», но и «плохой, негодный, дырявый» (ср. «худой сапог»). Соответственно, Худенём могли назвать человека за внешнюю худобу или за неказистый вид. Однако в северных и сибирских говорах «худень» означало «бедняк, голяк» — человека без достатка. Эта версия кажется более конкретной: прозвище могло закрепиться за крестьянином, жившим скудно, или за тем, кто постоянно жаловался на нужду.

Менее вероятна, но возможна связь с древнерусским нецерковным именем Худень — уменьшительным от Худяк или Худой. Такие «охранительные» имена (давали, чтобы отвести зло) встречались на Руси: считалось, что если назвать ребёнка Худым, он вырастет здоровым и сильным. Следы этого имени находим в исторических документах: например, в новгородских писцовых книгах XV века упоминается крестьянин Худень.

Географически фамилия Худенёвы не слишком часта. Основной ареал — северные области (Вологодская, Архангельская) и Вятка, откуда она могла распространиться с переселенцами в Сибирь. Это косвенно подтверждает версию о севернорусском происхождении прозвища.

Сравните с однокоренными фамилиями: Худяков (от Худяк) — более распространённая, Худенко — украинская версия, Худенький — редкая форма с другим суффиксом. Худенёва стоит в ряду фамилий, которые «законсервировали» старую форму прозвища, не перешедшую в современный язык.