Фамилия Худеньких — яркий представитель северорусской модели фамилий на -их/-ых. Такая форма указывает не на происхождение от конкретного отца (как у Иванов или Петров), а на принадлежность к целому роду или дому: Худеньких — значит «из семьи Худенького» или «из дома Худеньких». Эта модель особенно характерна для Вятской, Архангельской, Вологодской губерний и Сибири, куда переселенцы принесли этот обычай.

Основа фамилии — прилагательное «худенький». В старом русском языке слово «худой» имело два основных значения: «тощий, не толстый» и «плохой, негодный, бедный». Уменьшительно-ласкательный суффикс -еньк- смягчал прозвище, делая его скорее описательным, чем оскорбительным. Худеньких могли прозвать невысокого или очень худощавого человека, но не исключён и второй смысл: «бедноватый», «небогатый». В крестьянской среде прозвище по внешности или достатку — обычное дело, и уменьшительная форма часто давалась детям или молодым людям, чтобы отличить их от старших родственников с тем же корнем.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия не могла возникнуть в центральных и южных регионах России — там закрепились бы формы Худеньков или Худенков. Географически Худеньких — почти стопроцентный маркер севера или Сибири. Если предки носили эту фамилию, скорее всего, они были государственными или экономическими крестьянами, а не дворянами: фамилии на -их/-ых редко встречались у высших сословий, зато массово фиксировались в переписных книгах XVII–XVIII веков на Вятке и Урале.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «худенький» могло означать не только худобу, но и «хилый», «болезненный». Однако прозвище не обязательно отражало реальное состояние здоровья — часто его давали «от противного» или по первому впечатлению. Близкие по смыслу фамилии — Худяков, Худов, Худенко — имеют другую географию и суффиксальную модель, что лишний раз подчёркивает локальный характер фамилии Худеньких.

В современных базах данных фамилия встречается нечасто, что подтверждает её сугубо региональное происхождение. Носители Худеньких сегодня живут в основном в Пермском крае, Кировской области и на Урале — там, где и сложился этот тип фамилий.