Фамилия Худжатов образована по распространённой в тюркских языках модели с суффиксом -ов/-ев, который в русской среде стал показателем фамилии. Основа — имя или прозвище Худжат, восходящее к арабскому слову худжа (худжжат) — «довод», «доказательство», «аргумент». В исламской традиции это слово имеет богословский оттенок: «худжат» — убедительное свидетельство истинности веры, а также один из эпитетов пророков и авторитетных учёных. Соответственно, Худжатом могли назвать человека, который славился красноречием, убедительностью или знанием религиозных текстов.

Поскольку фамилия несёт арабский корень, её носители — почти наверняка потомки выходцев из мусульманских регионов: татар, башкир, народов Кавказа или Средней Азии. В России фамилия Худжатов встречается нечасто, рассеяна по Поволжью, Уралу и южным областям. Встречаются варианты написания с одной «т» (Хужатов) — это может быть следствием упрощения на стыке основы и суффикса или особенностей местного произношения.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет типичного русского суффикса -ин или -ский, что сразу указывает на её позднее оформление в русском языке — скорее всего, в XIX веке, при учёте или паспортизации. До этого предки могли носить родовое имя Худжат без фамильного закрепителя.

Спорных версий здесь немного: иногда корень путают с персидским «ходжа» (господин, хозяин), но это разные слова. Худжат — именно арабский термин с чёткой религиозной окраской. Учитывая редкость фамилии, её носители, вероятно, происходят из узкого круга семей, связанных с духовным образованием или торговлей — теми сферами, где требовалось убеждать и доказывать.