Фамилия Ходжатов — тюркская по происхождению, но с арабским корнем в основе. Её ядро — слово «ходжа» (араб. خواجة, ходжа́), которое в тюркских языках означало «господин», «хозяин», «наставник», а также «купец» или «богатый человек». В Средней Азии, особенно в Узбекистане и Таджикистане, «ходжа» — это ещё и почетный титул для потомков пророка Мухаммеда или религиозных авторитетов. Русский суффикс -ов, добавленный к основе «Ходжат», превратил имя или прозвище в фамилию, которая буквально отвечает на вопрос «чей?» — сын Ходжата.

Интересно, что сама форма «Ходжат» — это не исходное слово, а скорее местный вариант имени Ходжа, возможно, с тюркским уменьшительным или ласкательным суффиксом -ат (как в именах Ахмат, Каримат). То есть Ходжатов — не просто «сын ходжи», а «сын того, кого звали маленьким ходжой» или «сын Ходжата». Это отличает фамилию от более распространённых Ходжаев или Ходжиев, где суффикс -ев/-ев прямо присоединён к основе «ходжа». Семантически все они близки: предок носителя фамилии, скорее всего, был уважаемым человеком — либо духовным лицом, либо зажиточным торговцем, либо сельским старостой, которого в народе величали ходжой.

Географически фамилия Ходжатов встречается реже, чем однокоренные варианты, и тяготеет к регионам с сильным тюркским и исламским влиянием: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, а также среди народов Северного Кавказа (например, у кумыков). В русском контексте она могла появиться при переписях населения в XIX — начале XX века, когда крестьянам и горожанам давали фамилии по отцу или прозвищу. В документах нередко путали написание — встречаются варианты Хаджатов, Ходжитов, но форма с буквой «о» считается нормативной.

Сословная принадлежность предков-Ходжатовых могла быть разной. Если фамилия возникла в среде оседлых народов Средней Азии, её носители часто принадлежали к духовенству или купечеству. Если же на территории России — к крестьянам или мещанам, получившим прозвище за богатство или авторитет в общине. Однозначно сказать, не заглядывая в конкретные ревизские сказки, нельзя, но связь с понятием «господин» указывает на то, что предок явно не был на низшей ступени социальной лестницы.