Фамилия Ходжатова — женская форма фамилии Ходжатов, и её разговорный вариант, скорее всего, Ходжатов. Основа фамилии — «ходжат» — напрямую отсылает к арабскому слову «ходжа» (или «ходжа»), которое в тюркских языках означает «господин», «хозяин», «учитель» или «наставник». В дореволюционной Средней Азии так называли представителей духовного сословия, купцов или просто уважаемых людей, часто потомков пророка Мухаммеда (сайидов). Таким образом, фамилия Ходжатова указывает на происхождение от человека, носившего почётный титул «ходжа».

Суффикс «-ов» в фамилии Ходжатов — классический русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?»). Он присоединился к восточной основе, что типично для фамилий, возникших на территории Российской империи у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии после введения обязательных метрических записей. В данном случае модель образования проста: личное или прозвищное имя Ходжат (вероятно, усечённая или диалектная форма от Ходжа) + суффикс -ов. Встречается вариант написания через «а» на конце — Ходжатов, что может быть связано с особенностями местного произношения или ошибками писарей.

В отличие от многих фамилий, где основа спорна, здесь этимология прозрачна. Спор может идти только о том, было ли исходное имя Ходжат самостоятельным прозвищем (например, «сын ходжи») или же фамилия образована от уже готового арабского слова «ходжат» со значением «нужда», «потребность», что менее вероятно для фамильной традиции. Географически фамилия Ходжатова чаще всего встречается в Таджикистане, Узбекистане и среди народов Северного Кавказа (например, у ингушей и чеченцев), где титул «ходжа» имел широкое хождение, а русский суффикс был добавлен в XIX–XX веках при русификации документов.