Фамилия Хвойникова образована от личного именования Хвойник, и в этом её загадка: слово хвойник в русских говорах имело два разных значения, и каждое могло породить прозвище. Первое — это густоветвистый кустарник, хвойник, который в народной традиции наделяли особой живучестью и целебной силой. Давая ребёнку мирское имя Хвойник, родители словно поручали его природе: считалось, что растение воспримет младенца как своего и передаст ему свою стойкость и здоровье. Такие имена от названий растений — не редкость в дохристианской традиции, их давали, чтобы уберечь ребёнка от сглаза и болезней.

Второе значение слова — хвойный лес. Отсюда иная версия: Хвойником могли прозвать человека, который жил у опушки ельника или соснового бора, рубил лес или промышлял смолой. Прозвища по месту жительства встречаются в русской ономастике сплошь и рядом, так что эта гипотеза ничуть не слабее первой. Скорее всего, обе версии справедливы для разных родов, носящих эту фамилию, — в одном случае перед нами след древнего мирского имени, в другом — бытовое прозвище, закрепившееся за семьёй.

Фамилия построена по самой распространённой русской модели: к основе Хвойник прибавлен суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Мужской вариант — Хвойников. Такая схема в XV–XVII веках стала универсальной для большинства крестьянских и посадских фамилий: сначала отчество, потом фамилия, передающаяся детям. Суффикс -ов здесь не несёт дополнительного смысла, кроме указания на принадлежность: Хвойников — сын Хвойника, внук Хвойника.

Сам корень хвой- роднит фамилию с целым гнездом однокоренных: Хвоин, Хвоинов, Хвойнов, Хвойницкий. Это позволяет говорить о едином очаге возникновения — северные и центральные губернии России, где хвойные леса были основным ландшафтом, а слово хвойник в обоих значениях звучало в живой речи постоянно. В южных степных регионах такая фамилия вряд ли могла появиться: там и кустарник этот не растёт, и леса не было.

В документах фамилия Хвойников встречается с XVIII века, когда за крестьянами и мещанами начали массово закреплять наследственные прозвания. До этого времени предки носителей фамилии могли писаться по отцу — Ивашко Хвойников сын, — и лишь потом прозвище застыло в родовом имени. Сведений о дворянском происхождении фамилии нет: это типично народная, крестьянская или посадская фамилия, и в этом её ценность — она сохранила память о человеке, которого когда-то назвали по кусту или по лесу.