Фамилия Кибарина — одна из тех, где форма женского рода закрепилась в качестве основной, а мужской вариант Кибарин встречается реже. Такое бывает, если фамилия прошла через церковную или канцелярскую фиксацию от имени или прозвища женщины, либо если носительницы фамилии исторически преобладали в роду. Но корень у неё общий, и он неочевиден с первого взгляда.

Основа «Кибар-» — самая спорная часть. Самое прямое объяснение лежит в диалектах: в некоторых русских говорах «кибара» или «кибарка» — это небольшая телега, повозка, иногда крытая кибитка. Слово тюркского происхождения (сравните с «кибитка»). Прозвище Кибара могли дать человеку, который делал такие повозки, торговал ими или, в переносном смысле, был непоседливым, «ездящим» по свету. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в регионах, где был развит извоз или торговля (например, в Поволжье и на юге России). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Кибары» или «из семьи Кибары».

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых западнорусских и украинских говорах «киба» или «кибать» означало «кивать», «качать», а «кибара» могло быть прозвищем человека с характерной походкой вразвалку или того, кто постоянно кивал. Но эта гипотеза слабее, потому что не имеет широкой диалектной поддержки, в отличие от «повозочной» версии.

Третья возможность — что фамилия образована от канонического имени Киприан (разговорная форма Киприян, Кипря) через искажение: Кипря → Кибря → Кибара. Такие фонетические переходы (п → б) в народной речи не редкость. Тогда Кибарина — это «вдова Кибары» или «дочь Кибары», где Кибара — просторечная форма крестильного имени. Эта версия правдоподобна, если фамилия фиксируется в среде старообрядцев или в северных регионах, где любили сокращать и переиначивать церковные имена.

Сословно фамилия не элитарная: скорее всего, её носили крестьяне или мещане. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, данного в конкретной деревне или слободе. Писательница Мария Кибарина, известная по детским книгам, — одна из немногих публичных носительниц, но её фамилия, скорее всего, имеет те же корни, что и у большинства Кибариных.