Фамилия Киданецкая — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. Основа фамилии — топоним, причём не самый тривиальный. Суффикс -ецк-/-ицк- в сочетании с окончанием -ая указывает на типичную модель образования от названия населённого пункта: «Киданец» → «Киданецкая». Такие фамилии чаще всего встречались у выходцев из сёл и местечек на западе Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси.

Самая вероятная точка привязки — село Киданец (укр. Киданець) в Тернопольской области Украины. Это старинное поселение, известное с XVI века, располагавшееся на границе Волыни и Галиции. Жительница этого села, переселившаяся в другую местность, получала прозвание «Киданецкая» — то есть «родом из Киданца». Форма на -ая, а не на -а (как было бы в мужском варианте Киданецкий), прямо говорит о женской линии фамилии. В дореволюционной России фамилии в такой форме часто закреплялись за вдовами или дочерьми, либо передавались по материнской линии в тех регионах, где женский вариант был нормой для бессословных семей.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с прозвищем «Киданец». В диалектах глагол «кидать» мог означать не только бросать, но и «раскидывать сено», «разбрасывать зерно» или, в переносном смысле, «мотать, транжирить». Прозвище Киданец могли дать человеку неаккуратному или расточительному. Однако фамилия Киданецкая — почти стопроцентный топонимический след, а не прозвищный, потому что прозвища с суффиксом -ец редко давали начало фамилиям на -ская.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, в России носители Киданецкой сосредоточены в центральных и южных областях, что косвенно подтверждает миграцию из западнорусских земель. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской — типичной для выходцев из малых сёл. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Единственная деталь, которая выбивается из общего ряда: ударение. В фамилии Киданецкая оно почти всегда падает на второй слог (Ки-да́-нец-кая), а не на первый, как можно было бы ожидать от названия села (Ки́данец). Это может говорить о том, что фамилия формировалась не от прямого топонима, а от производного прилагательного в местном говоре, где ударение сместилось по аналогии с другими фамилиями на -анецкая.