Фамилия Киданюк — яркий пример того, как по суффиксу можно почти безошибочно определить регион происхождения. Формант -юк типичен для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на Волыни, в Подолье и в Полесье. Это уменьшительный суффикс, который в данном случае указывает на то, что основатель рода был сыном или потомком человека по имени Кидан.

Сам корень «Кидан» — это, скорее всего, прозвище или производная форма от имени. Здесь возможны две версии. Первая: Кидан — это вариант древнерусского или украинского имени Кидало, которое, в свою очередь, могло возникнуть от глагола «кидати» (кидать). В этом случае прозвище мог получить человек с резкими, порывистыми движениями или, например, неаккуратный работник, который «кидал» вещи. Вторая, более правдоподобная версия: Кидан — это сокращение от крестильного имени Никита (в народной форме Микита) или от Аникита. В украинских говорах имя Никита нередко звучало как «Кидан» или «Кидь» (ср. фамилии Кидь, Киденко). Таким образом, Киданюк — это «маленький Кидан», то есть сын человека, которого в округе звали Киданом.

Особенность этой фамилии в том, что она образована по продуктивной модели, но с довольно редким корнем. Если фамилии на -юк от имён Иван (Иванюк), Степан (Степанюк) встречаются на каждом шагу, то Киданюк — фамилия штучная, локальная. Скорее всего, её носители происходят из одного компактного села или района, где когда-то жил родоначальник с прозвищем Кидан. В официальных документах Российской империи фамилия могла фиксироваться с окончанием -ук (Киданюк) или, при русификации, превращаться в Киданов, но исходная форма сохранилась именно в украинской среде. Принадлежность к крестьянскому или казачьему сословию для таких фамилий — норма, так как суффикс -юк в массе своей закрепился за непривилегированными слоями населения.