Фамилия Кифина — яркий пример того, как за простой, на первый взгляд, основой может скрываться несколько совершенно разных историй. Строго говоря, это матроним или отчество в форме притяжательного прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кифин — значит «сын (или потомок) Кифы». Именно женская форма фамилии (Кифина) чаще всего встречается в речи, но по происхождению она восходит к мужскому прозвищу или имени Кифа.

Самая прямая и весомая версия — библейская. Имя Кифа (арам. kefa — «камень, скала») носил апостол Пётр до того, как Христос дал ему это греческое прозвище. В Новом Завете апостол Павел называет Петра именно Кифой. Память апостола Петра (в миру — Симона, прозванного Кифой) церковь чтит 12 апреля и 21 декабря. В среде духовенства или глубоко верующих крестьян имя Кифа могло даваться в честь этого святого, и от него пошла фамилия.

Однако у фамилии есть и альтернативное, бытовое объяснение. В русской традиции Кифа — это не только библейское имя, но и уменьшительная, народная форма от полных крестильных имён Иакинф (от греч. hyakinthos — «гиацинт», цветок) и Никифор (греч. nikephoros — «несущий победу»). В быту длинные имена «Иакинф» и «Никифор» часто сокращали до более удобных: Киня, Кеша, а также Кифа. Поэтому предок носителя фамилии мог быть вовсе не «камнем», а просто человеком, которого в обиходе звали Кифа вместо полного церковного имени.

Социальный контекст фамилии неоднозначен. С одной стороны, имя Кифа встречалось в купеческой и мещанской среде, с другой — в крестьянской, особенно в южнорусских и украинских говорах. Географически фамилия Кифин (и женская Кифина) считается достаточно редкой, с заметным очагом бытования в Воронежской области и на Кубани. В этих регионах акающее произношение могло превращать «Кефин» (от Никифор) в «Кифин», что добавляет ещё один возможный путь образования: от просторечного «Кефа» (сокращение от Никифор) через «Кифа».

Таким образом, фамилия Кифина — это не один, а три возможных корня: арамейский «камень» (апостол), греческий «гиацинт» (Иакинф) и греческий «победоносец» (Никифор). Без генеалогического исследования конкретной семьи трудно сказать, какой из них верный, но самым вероятным с точки зрения частотности и бытовой логики выглядит происхождение от имени Никифор через его сокращённую форму Кифа.