Фамилия Кифин в своей основе имеет редкое для русской ономастики имя Кифа. В переводе с арамейского это слово означает «камень, скала» — именно так, по-арамейски, звали апостола Петра до того, как Христос дал ему это греческое прозвище. В православных святцах имя Кифа встречается, дни памяти приходятся на 12 апреля и 21 декабря.

Однако фамильная модель «Кифин» не обязательно восходит напрямую к апостольскому имени. В русской бытовой среде имя Кифа могло быть и сокращением от более длинных крестильных имён. Среди вероятных источников — Иакинф (от древнегреческого «гиацинт») или Никифор (в переводе «несущий победу»). Такое стяжение — обычная практика: усекали многосложное имя до удобного в быту варианта, а уже от него образовывали фамилию с типичным русским суффиксом принадлежности -ин.

Суффикс -ин указывает на прямое родство: Кифин буквально значит «сын Кифы» или «человек из рода Кифы». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от основ на согласный, -ин характерен для основ на -а, -я, что и даёт форма «Кифин», а не «Кифов».

Географически фамилия редкая и не имеет выраженного «гнезда» в одном регионе. Встречается спорадически, что подтверждает её происхождение от личного имени, а не от названия профессии или местности. В дореволюционных источниках Кифины фиксируются в основном среди крестьян и мещан центральных губерний.