Фамилия Кильчинский — редкий случай в русском ономастиконе, где польская или украинская модель сочетается с неочевидной основой. Суффикс «-ский» типичен для шляхетских фамилий Речи Посполитой, но в России его часто получали выпускники духовных семинарий и выходцы из мещан. Однако с корнем «Кильч-» всё сложнее.

Самая вероятная версия — географическая. Фамилию могли образовать от названия населённого пункта: в Польше есть деревня Кильчице (польск. Kielczyce), в Беларуси — Кильчицы, на Украине — Кильчень. Владелец поместья или выходец из такого места получал прозвище «Кильчинский», то есть «тот, кто из Кильчей». Такая модель типична для дворянских фамилий, но в XIX веке её перенимали и крестьяне, переселявшиеся в города.

Если же отталкиваться от прозвища, основа «кильч-» может восходить к диалектному слову «килька» (мелкая рыба) или к тюркскому «кил» (приходи) — но обе гипотезы слабые. Первая натыкается на то, что суффикс «-ин» дал бы фамилию «Кильчин», а не «Кильчинский»; вторая — на отсутствие тюркских параллелей в польско-украинском ареале.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается за пределами бывшей Речи Посполитой. В дореволюционных списках Кильчинские — это мелкопоместная шляхта Минской и Волынской губерний, а также униатские священники. Последние часто русифицировали свои фамилии с помощью суффикса «-ский» при переходе в православие. Так что предок носителя этой фамилии мог быть либо польским земянином, либо священником греко-католической церкви, чью фамилию «подогнали» под русское звучание.

Единого написания в XIX веке не было: в метрических книгах встречаются варианты «Кильчинский» и «Кильчиньский» (с мягким знаком), что указывает на польское произношение. Сегодня форма закрепилась в русском языке с твёрдым «н».