Фамилия Кильдюшкин — один из тех случаев, когда за русским суффиксом -ин скрывается тюркское имя. Основа здесь — личное имя Кильдюш (встречается также вариант Кильдиш). Оно составное и прозрачное: первая часть «кильде» переводится с татарского как «родился», вторая — «иш» означает «помощник» или «ребенок». В сумме имя Кильдюш значит «родился помощник». Скорее всего, так называли долгожданного, желанного сына — ребенка, которого ждали как подмогу в семье.

Под влиянием русской словообразовательной модели имя превратилось в Кильдюшка (с фамильным суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Кильдюшкин). Такая адаптация тюркских имен через уменьшительно-обиходную форму — обычное дело в русской ономастике XVI–XVII веков.

Есть и вторая версия, менее распространенная, но не лишенная оснований. Она связывает фамилию с языком литовских татар — общины, осевшей в Великом княжестве Литовском. В их говоре слово «келдиш» означало «тот, кто пришел в дом невесты, муж». Тогда прозвище Кильдюшка мог получить зять, пришедший жить в семью жены. В таком случае фамилия отражает не имя, а социальную роль предка.

Какая из версий правдоподобнее? Первая — более прямая и подтверждается массовостью тюркских имен на -ш в Поволжье (сравните Алтыш, Биктемиш, Уразгильде). Вторая интересна своей региональной привязкой к литовским татарам, но требует дополнительных генеалогических подтверждений. В любом случае, фамилия Кильдюшкин — пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую языковую среду, закрепилось в виде фамилии с типичным для восточнославянской традиции суффиксом.