Фамилия Кильдюшкин ведет начало от тюркско-татарского имени Кильдюш (Кильдиш), которое имеет сложную основу и состоит из двух слов: «кильде», что означает «родился», и «иш», то есть «помощник, ребенок». То есть имя Кильдюш целиком можно перевести как «родился помощник». Вполне вероятно, что именем Кильдюш родители нарекли долгожданного и желанного ребенка. Основой же для фамилии послужило имя Кильдюшка, сложившееся под влиянием норм русского языка. Также возможно, что фамилия Кильдюшкин происходит от прозвища Кильдюшка, которое образовано от слова «келдиш», что в языке литовских татар имеет значение «тот, кто пришел в дом невесты, муж». В этом случае, вероятно, что Кильдюшкой прозвали мужа дочери. Таким образом, потомок человека, которого звали Кильдюшка, со временем получил фамилию Кильдюшкин.