Фамилия Кильдюшкины — самобытный памятник восточной культуры, и её разговор стоит начать с необычной словообразовательной модели. В фамилии выделяется редкий суффикс -к-ин, который встречается реже, чем стандартные -ов или -ев. Этот суффикс указывает на то, что основой послужило не каноническое имя, а уменьшительно-ласкательная форма — Кильдюшка. Именно от неё, под влиянием норм русского языка, и пошла фамилия.

Корень фамилии восходит к тюркско-татарскому имени Кильдюш (или Кильдиш). Оно составное: «кильде» означает «родился», а «иш» — «помощник» или «ребёнок». Целиком имя переводится как «родился помощник». Скорее всего, так называли долгожданного и желанного ребёнка. Менее распространённая, но правдоподобная версия связывает фамилию с прозвищем Кильдюшка, которое произошло от слова «келдиш» в языке литовских татар. Там оно означало «тот, кто пришёл в дом невесты, муж». В таком случае прозвище мог получить зять.

Обе гипотезы не противоречат друг другу: они лишь показывают, что фамилия могла закрепиться в разных обстоятельствах — как по имени при крещении, так и по бытовому прозвищу. Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские и татарские народы, но окончательно говорить о точном месте и времени её возникновения можно только после серьёзных генеалогических изысканий. Процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности, поэтому каждая ветвь Кильдюшкиных могла сложиться по-своему.