Фамилия Килькин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем, а с конкретным промыслом или образом действия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Килькин, то есть сын или человек Кильки. А вот с чем связано прозвище Килька — тут есть несколько версий, и самая прямая ведёт к рыбе.

Килька — мелкая промысловая рыба семейства сельдевых. Прозвище Килька могли дать низкорослому, худощавому человеку — по аналогии с маленькой рыбёшкой. Такие прозвища по внешним признакам — обычное дело в русской ономастике. Но есть и другая, более узкая версия: Килькой могли прозвать рыбака, торговавшего килькой, или человека, жившего на берегу моря, где этот промысел был основным. В этом случае фамилия указывала бы не на внешность, а на род занятий предка.

Словообразовательная модель проста: от прозвища Килька через притяжательный суффикс -ин. Фамилия недвусмысленно русская по форме, хотя основа может быть заимствована из эстонского или финского (kilu — килька), что указывает на возможное северо-западное или прибалтийское происхождение носителей. В центральной России, где килька не водилась, такое прозвище давали скорее по внешности, а вот в Псковской, Новгородской губерниях или на Русском Севере — по профессии.

Интересно, что фамилия Килькин не имеет аристократических корней и не встречается в старых боярских списках. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVI–XVII веков, когда прозвища начали закрепляться в качестве наследственных. В переписных книгах и ревизских сказках XIX века Килькины встречаются в основном в северных и северо-западных губерниях, что косвенно подтверждает «рыбную» версию.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Килькин, Кильков, Кильченко) показывает, что Килькин — самая архаичная форма, сохранившая прямое указание на прозвище отца. В отличие от фамилий на -ов (Кильков), которые тоже возможны, форма на -ин характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Таким образом, предок современных Килькиных с высокой вероятностью был либо человеком невысокого роста и худощавого сложения, либо рыбаком, добывавшим кильку на Балтике или в Каспии. В любом случае, фамилия звучит конкретно и недвусмысленно, без намёка на иностранное происхождение или дворянский титул.