Фамилия Кильнесов — редкий пример, в котором суффикс -ов стоит, скорее всего, не там, где мы привыкли его видеть. Обычно -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный (Иван — Иванов), но здесь основа «Кильнес» сама по себе нетипична для русского языка. Напрашивается вывод: перед нами не исконно русская фамилия, а обрусевшая форма, где -ов — это уже русское патронимическое окончание, добавленное к нерусской основе.

Самый вероятный источник — тюркские или финно-угорские языки. Основа «Кильнес» может восходить к личному имени или прозвищу. В тюркских языках «киль» (kil, kel) означает «приходи», «иди», а «нес» (nes) — реже встречающийся компонент, который может быть искажением слова «нез» (знак, метка) или частью сложного имени. В коми-пермяцком языке есть слово «киль» (чешуя, шелуха) и «нес» (нос, клюв), что могло дать прозвище человеку с какой-то характерной чертой внешности. Однако обе версии остаются гипотезами без точного письменного подтверждения.

Словообразовательная модель здесь уникальна. Фамилия образована не от русского имени, а от цельного прозвища или имени Кильнес, которое и стало основой. Суффикс -ов в данном случае не указывает на прямое отчество (чей сын?), а скорее выполняет функцию русификации, адаптируя иноязычную основу к привычной русской фамильной модели XIX века. Это типично для крещёных татар, башкир, удмуртов или коми, чьи родовые имена при переписях оформляли по русскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и северу Европейской России. Встречается она крайне редко, в основном в Пермском крае, Удмуртии и Татарстане. Это зона активного контакта славянского, тюркского и финно-угорского населения, где подобные гибридные фамилии — норма.

Если отбросить домыслы, то можно сказать точно: фамилия Кильнесов не имеет отношения к русским именам вроде Кирилл или Николай. Её основа — дохристианское, скорее всего, тюркское или финно-угорское прозвище, которое закрепилось за родом и позже было оформлено по-русски. Кем был первый Кильнес — сказать трудно: мог быть пришлым ремесленником, крестьянином-охотником или человеком с заметной внешностью. Но то, что его имя сохранилось в такой нестандартной форме, говорит о том, что род был немногочисленным и жил достаточно обособленно.