Фамилия Кильсеева — женская форма, а её мужской вариант — Кильсеев. Эта фамилия редкая и неочевидная на первый взгляд, но её разбор показывает, как в русском ономастиконе могли переплетаться тюркские корни и русские суффиксы.

В основе фамилии лежит прозвище или имя Кильсей. Скорее всего, это русифицированная форма тюркского имени Кельсе (или Килсе), которое в переводе с ряда тюркских языков означает «приходи» или «пусть придёт». Такие имена-пожелания были распространены у народов Поволжья и Приуралья: родители давали их в надежде, что ребёнок будет желанным, или как оберег от злых духов. Фамилии на -еев/-еева обычно образуются от основ на мягкий согласный или на -й: Кильсей → Кильсеев.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с русским диалектным словом «кильса» — так в некоторых говорах называли кильку или мелкую рыбёшку. Тогда прозвище Кильсей мог получить рыбак или человек невысокого роста. Но тюркская версия выглядит убедительнее, учитывая, что в русских фамилиях на -еев доля тюркских заимствований высока (сравните: Ахметеев, Муртазеев).

Географически фамилия Кильсеева привязана к регионам, где исторически жили татары, башкиры, чуваши или мордва, — это Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также западная Сибирь. Встречается она и в центральной России, но редко.

Что касается сословной принадлежности, то носители фамилии Кильсеев в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Кильсеева — это фамилия-загадка с восточным акцентом, в основе которой лежит, скорее всего, доброе пожелание или оберег, данный предку много поколений назад.