Основой фамилии Килюшева послужило мирское имя Килюш. Нецерковное имя Килюш, скорее всего, восходит к существительному «кила», значение которого в «Толковом словаре живого великорусского языка» В.И. Даля определяется как «грыжа», «опухоль», «нарост». Однако маловероятно, что имя Килюша давлось человеку и подобными физическими недостатками. Обычно имена с такими негативными значениями выполняли так называемую «охранительную» функцию и использовались в качестве оберега. Согласно суеверному славянскому обычаю, подобные имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Килюшем. Согласно другой гипотезе, фамилия Килюшева образовалась от прозвища Килюш из диалектного глагола «килиться», который в псковских говорах означает «мешкать, медлить, возиться», а в архангельских — «кланяться, упрашивать». В таком случае прозвище могло подчеркивать определенные черты характера родоначальника: медлительность, нерасторопность или же угодливость. Менее вероятной представляется связь фамилии Килюшева с глаголом «киляндать» — «звонить в колокол». Из такой трактовки фамилии следует, что основатель рода Килюшевых мог быть звонарем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Килюш, со временем получил фамилию Килюшева.