Фамилия Кинжакова — женская форма фамилии Кинжаков, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Слово «кинжал» здесь не при чём: основа «Кинжак-» не имеет прямого отношения к холодному оружию. Скорее всего, корень фамилии тюркский или кавказский.

Наиболее вероятная версия: в основе лежит тюркское слово «кинжак» или «кынжак», означающее «бок», «сторона», «склон горы». В тюркских языках так могли назвать человека, жившего на краю селения, на склоне или у подножия горы. Прозвище Кинжак закреплялось за тем, кто держался особняком или жил на отшибе. Фамилии на -ов/-ев от тюркских прозвищ обычны в южнорусских и казачьих регионах, на Урале и в Заволжье.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с адыгским (черкесским) именем Кинжак, которое могло быть личным именем или прозвищем. В этом случае фамилия указывает на северокавказские корни предков, которые со временем переселились в русские губернии.

Суффикс -ов в мужской форме Кинжаков (женская — Кинжакова) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. Фамилия не дворянская и не старинная боярская — она относится к массовому пласту поздних фамилий крестьян и казаков, которые закрепились в XVIII–XIX веках при переписях и рекрутских наборах.

Встречаемость фамилии фиксируется в Ростовской области, Краснодарском крае и на Украине — то есть в зонах активных контактов русского населения с тюркскими и кавказскими народами. По звучанию Кинжакова стоит в одном ряду с фамилиями Кунжаков, Кунгуров, Кинжалов, но повторяет модель образования именно от прозвища, а не от предмета.