Фамилия Кинжегулов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не русский, а тюркский, но географическое бытование фамилии указывает на южноуральский регион. Основа «кинже» или «кинжек» восходит к тюркскому «кенже» — «младший», «последний (по рождению)». В башкирском, казахском и ногайском языках «кенже» — это младший сын, младшая дочь, часто любимый ребёнок, которому по обычаю доставалась часть наследства или особая роль в семье. Таким образом, исходное личное имя Кинже (или Кинжек) давали младшему ребёнку, и оно было не столько прозвищем, сколько традиционным именем-оберегом или указанием на порядок рождения.

Суффикс в фамилии — «-улов» — это вариант тюркского патронимического форманта «-улы» (сын) в русской огласовке. В русской канцелярской традиции XIX века при записи тюркских фамилий «-улы» часто заменяли на «-улов», реже на «-улин». То есть Кинжегулов буквально означает «сын Кинжека». Полная форма: Кинжек + улы → Кинжегулов.

Главная загадка фамилии — вторая буква «г». В исходном тюркском корне «кенжек» звука «г» нет. Вероятнее всего, «г» появилась при адаптации: либо как протетический (вставной) звук для благозвучия в русской речи, либо как следствие диалектного произношения — в некоторых башкирских говорах «кенже» звучит как «кинже» с лёгким гортанным призвуком, который на письме передали буквой «г». Встречается также вариант Кинжеулов (без «г»), но он гораздо реже.

Носители фамилии Кинжегулов исторически сосредоточены в Башкортостане и прилегающих районах Челябинской и Оренбургской областей. Это указывает на башкирское или мишарское происхождение. Среди башкир «кенже» было распространённым мужским именем, и от него образованы фамилии Кенжебаев, Кенжегулов, Кинжебаев. Фамилия Кинжегулов, судя по записям в метрических книгах Оренбургской губернии второй половины XIX века, принадлежала в основном к сословию тептярей и башкир-вотчинников — то есть к категории государственных крестьян и военно-служилого населения, а не к дворянству или духовенству.

Поскольку фамилия редкая, а её основа — личное имя, а не прозвище по ремеслу или внешности, предки Кинжегуловых были, скорее всего, рядовыми общинниками, скотоводами или земледельцами. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от традиционных имён младших детей в тюркских семьях.