Фамилия Кипкаева образована от прозвища Кипкай. Сразу несколько версий объясняют его происхождение, и ни одна из них не выглядит надуманной — каждая имеет языковое основание.

Самая вероятная гипотеза связывает прозвище с украинским словом «кiпка» — так называют снопы, уложенные колосьями к центру и прикрытые сверху ещё одним снопом. В таком случае Кипкай — профессиональное прозвище земледельца или крестьянина, хорошо знакомого с полевыми работами и укладкой урожая. Модель образования фамилии типовая для восточнославянской ономастики: к основе на -ай добавлялся патронимический суффикс -ев/-ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Кипкая»). Форма Кипкаева — это женский вариант фамилии или фамилия в исходном виде, если её носительница — женщина.

Слово «кипа» тоже могло дать прозвище, но с другим значением: небрежно сложенная стопка чего-либо, груда. Отсюда Кипкай — человек непоследовательный, неорганизованный, склонный к хаосу в делах. Версия менее конкретная, но тоже возможная.

Две другие гипотезы ведут к тюркским языкам. В чувашском есть слово «кипке» — «пеленка, одежда». Прозвище Кипкай в этом случае могло закрепиться за портным или тем, кто имел дело с тканями. Татарское «кипкен» означает «сухой, сушёный, чёрствый». Так могли прозвать худощавого, сухопарого человека. Обе версии правдоподобны, но уступают «славянской» по распространённости: фамилия чаще встречается в русско-украинской среде, чем в тюркоязычных регионах.

Фамилия редкая, её носители рассеяны по разным областям России и Казахстана. Сословной привязки нет: Кипкаевы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — прозвищная основа не даёт однозначного указания на социальный статус.