Фамилия Капкаева — женская форма фамилии Капкаев, которая образована от прозвища или имени Капкай. В основе, скорее всего, лежит тюркский корень «кап» — мешок, сумка, или глагол со значением «закрывать, запирать». В таком случае прозвище Капкай могло относиться к человеку, который изготовлял мешки, сумки, либо к тому, кто был прижимистым, «закрытым» в быту. Вторая версия связывает фамилию с тюркским словом «капка» — ворота, калитка. Тогда прозвище могло указывать на привратника, сторожа у ворот, или на человека, жившего у входа в селение.

Фамилия Капкаев — патронимическая, то есть образована от личного имени или прозвища отца с помощью суффикса -ев. Этот суффикс характерен для фамилий, основа которых заканчивается на мягкий согласный или на -й, поэтому Капкай дал Капкаев, а не Капкаов. Форма Капкаева — соответственно, «жена или дочь Капкаева».

Капкаевы — фамилия нечастая. Её ареал тяготеет к регионам, где исторически было сильное тюркское влияние: Поволжье, Урал, Северный Кавказ. В частности, в Осетии фамилия Капкаевых встречается среди дигорцев — субэтноса осетин, что указывает на возможное осетинское или тюркско-осетинское происхождение. В осетинском языке слово «капка» тоже означает «ворота», что усиливает версию о прозвище по месту жительства или занятию.

В отличие от многих русских фамилий, Капкаева не имеет связи с православными святцами или церковными именами. Её корни — в бытовой, хозяйственной сфере жизни тюркоязычных или кавказских народов. Это делает фамилию маркером определённой культурной традиции, где прозвище часто было точным и приземлённым.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Капкин (от «капка» — ловушка, капкан) или Капков (от «кап» — мешок), показывает, что все они строятся вокруг близких, но не тождественных основ. Капкаев стоит особняком благодаря суффиксу -аев, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто выдает иноязычное происхождение основы.