Фамилия Капкае — редкая, и её происхождение стоит искать не в центральной России, а на окраинах бывшей империи, скорее всего, в тюркской или кавказской среде. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ае сразу выдаёт нерусскую основу, адаптированную при записи в официальные документы.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского прозвища или имени Капкай. В тюркских языках слово «капка» (kapka) означает «ворота», «дверь» или «заслон». Прозвище Капкай могли дать человеку сторожу, привратнику, либо тому, кто жил у ворот крепости или горного прохода. В переносном смысле — «защитник», «преграда». Встречается также вариант, что это форма личного имени, образованная от глагола «кап» — «закрывать», «запирать». В любом случае, основа указывает на функцию или место человека в традиционном обществе.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с кавказскими языками, где похожие корни означают «мешок» или «сума» (ср. карачаево-балкарское «кап» — мешок). Тогда Капкай — прозвище торговца, носильщика или мастера по изготовлению кожаных сум. Но эта версия слабее, так как суффикс -ай в тюркских именах (как Алтай, Каратай) распространён шире.

Суффикс -ае в фамилии — это не русский патронимический суффикс, а русская передача тюркского окончания -ай или -ау. При переписи населения в XIX веке писарь записывал носителя на слух: «Капкаев» было бы ожидаемо, но форма «Капкае» — это либо усечённый вариант (без русского окончания -в), либо фамилия, закреплённая в такой записи у какой-то конкретной этнической группы (например, у татар, башкир или ногайцев).

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди кумыков и ногайцев на Северном Кавказе. В центральных областях России она практически не фиксируется. Это значит, что предки носителя фамилии Капкае, скорее всего, были тюркоязычными крестьянами, казаками или мелкими торговцами, жившими в Поволжье или Предкавказье.

Таким образом, Капкае — не случайная фамилия, а прямой указатель на тюркские корни и, вероятно, на занятие предка, связанное с охраной, границей или торговлей.