Фамилия Капкин — один из примеров того, как полное церковное имя превратилось в короткое домашнее прозвище, а затем закрепилось в качестве фамилии. В её основе лежит каноническое мужское имя Капитон. Само имя восходит к латинскому слову capitonis — «большеголовый». В русском обиходе имя Капитон давало множество уменьшительных форм; одна из них — Капка — и стала непосредственным источником фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Капкин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Капки» или «человек из семьи Капки». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде, где имя отца или главы семьи употребляли в ласкательной или обиходной форме.

Святой покровитель имени Капитон — мученик Капитон, епископ, живший в IV веке. Он проповедовал христианство в Крыму и погиб от рук язычников. Однако вряд ли крестьяне или ремесленники, называвшие сына Капкой, задумывались о латинской этимологии или о житии святого — для них это было просто привычное, «домашнее» имя.

Исходное прозвище Капка могло принадлежать человеку заметной внешности — возможно, с крупной или необычной головой (намёк на латинское «большеголовый»). Впрочем, со временем связь с первоначальным значением стёрлась, и для потомков Капка стало просто личным именем, от которого пошёл род Капкиных.

Социальная среда, в которой возникла фамилия, скорее всего, была рабочей или крестьянской. Фамилии на -ин от обиходных форм имён в XVI–XVII веках особенно часто появлялись именно в податных сословиях. Капкин — фамилия, которая не кричит о знатном происхождении, но зато надёжно хранит память о предке по имени Капка, человеке, которого в своём кругу называли просто и по-свойски.