Основой фамилии Капкин послужило церковное имя Капитон. Фамилия Капкин восходит к каноническому мужскому личному имени Капитон, которое образовано от латинского слова capitonis – «большеголовый». От этого имени было образовано множество производных форм, одна из которых — Капка — и легла в основу данной фамилии. Святым покровителем носителей этого имени является святой мученик Капитон-епископ (IV век). Он проповедовал христианскую веру в Крыму, за что был убит язычниками. Скорее всего, основатель рода Капкиных был человеком из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Капка, со временем получил фамилию Капкин.