Фамилия Капкова образована от прозвища Капко, и её значение напрямую связано с украинским словом «капка» — «капля». В большинстве случаев такое прозвище давали либо маленькому ребенку, либо невысокому человеку, как бы «капельке» по сравнению с другими. Реже прозвище могло относиться к тому, кто «капает» — например, к неторопливому или плаксивому человеку. Есть и другая версия, связанная с народным календарём: Капко мог получить ребёнок, родившийся в день святого Капельника, когда с крыш начинала капать первая весенняя вода.

С точки зрения словообразования, фамилия Капкова — это женская форма от Капков. Мужской вариант образован с помощью типичного русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Капко». Такая модель характерна для основной массы русских фамилий, но основа здесь не исконно русская, а украинская. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли жить на границе русских и украинских земель, где прозвища легко переходили из одного языка в другой.

Интересно, что фамилия Капкова встречается реже, чем однокоренные Каплин или Каплунов, хотя все они восходят к одному корню — «кап-» со значением «капля, течь». Разница в суффиксах: -ин и -ов дают разные формы, а Каплунов связан с украинским «каплун» (кастрированный петух), что совсем другая история. Капкова же — это именно «капельная» линия.

Потомок человека по прозвищу Капко со временем получил фамилию Капков, а его дочь или жена стали записываться как Капкова. Так в русской традиции женская форма фамилии закрепилась и передаётся по наследству.