Фамилия Капкины образовалась от прозвища или уменьшительной формы имени, а не напрямую от полного церковного имени. В основе лежит имя Капка — одна из народных производных форм канонического имени Капитон. Само имя Капитон происходит от латинского capitonis — «большеголовый». Такие сокращенные имена (Капка, Капа) в старину были обычны в быту, особенно в крестьянской и рабочей среде, где полное имя звучало слишком официально.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капкин буквально означает «сын Капки» или «человек из семьи Капки». Это одна из самых распространенных моделей русских фамилий, особенно на севере и в центральных областях России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имен и прозвищ на твердый согласный, -ин крепился к основам на -а/-я.

Святой покровитель имени Капитон — мученик Капитон, епископ Херсонесский (IV век). По преданию, он проповедовал в Крыму и принял смерть от язычников. Однако напрямую связывать фамилию с этим святым не стоит: имя Капитон было распространено в народе задолго до официальной канонизации, а его сокращенная форма Капка могла бытовать независимо от церковного культа.

Точное место возникновения фамилии Капкины установить сложно. Процесс закрепления наследственных фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий и завершился только к XIX веку. Ясно одно: носитель прозвища Капка жил в среде, где ценили простые, короткие именования, и его потомки унаследовали фамилию, которая сегодня звучит как отсылка к давнему семейному прозвищу.