Фамилия Капкина в своей основе восходит к имени Капка — разговорной, уменьшительной форме церковного имени Капитон. Само имя Капитон происходит от латинского «capitonis», что означает «большеголовый». Эта этимология нередко удивляет: за привычным звучанием фамилии стоит прозвищное по происхождению имя, данное, вероятно, человеку с крупной головой. В русской традиции от полных церковных имён образовывали множество сокращённых и ласкательных форм, и Капка — одна из них.

Святым покровителем имени считается мученик Капитон, епископ, живший в IV веке. Он проповедовал христианство в Крыму и погиб от рук язычников. Эта историческая привязка к Крыму и раннехристианским мученикам — редкая деталь, которая выделяет историю фамилии на фоне более распространённых «профессиональных» или «географических» фамилий.

Суффикс -ин в фамилии Капкина указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Капки» или «из дома Капки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. В данном случае основа на -а дала именно суффикс -ин, а не -ов.

Скорее всего, основатель рода Капкиных происходил из рабочей или крестьянской среды. В среде простых людей уменьшительные имена (Капка, Васька, Петька) были повседневными, а фамилии на -ин закреплялись именно за ними. Дворянские роды чаще образовывали фамилии через суффикс -ов или -ский, поэтому социальная привязка здесь довольно прозрачна. Таким образом, фамилия Капкина — это не случайное созвучие, а прямой след имени предка, которого в быту звали Капкой, а уже его дети и внуки стали Капкиными.