Фамилия Кипригин — редкий случай, когда прозвище возникло не от профессии или внешности, а от физиологического состояния. В основе лежит глагол «кипри́ть» — в вятских и пермских говорах так говорили о человеке, который привередничает в еде, капризничает, морщится от угощения. Слово имеет экспрессивную окраску: «киприга» — это не просто капризный, а тот, кто всем недоволен, кривится даже от хорошей еды. Корень здесь общеславянский, родственный «кипеть» — в значении «бродить, закисать», что дало переносный смысл «быть недовольным, брюзжать».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кипригин буквально «сын Киприги». Такая модель типична для северных и северо-восточных регионов России, где прозвища на -а/-я (Киприга, Киприга) легко становились фамилиями без перехода в -ов. В центральных областях того же человека назвали бы Кипригиным реже, скорее дали бы форму Киприков или Киприн — но в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях фамилия закрепилась именно с этим суффиксом.

Поскольку прозвище не связано с церковным именем (Киприан дало бы Киприанов, Киприянов), а происходит от бытового диалектного слова, носители фамилии — потомки крестьян или посадских людей. В документах XVIII–XIX веков Кипригины встречаются в основном среди государственных крестьян северных уездов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, «говорящая» фамилия, которая прямо описывала характер или манеру поведения родоначальника.

Ошибочно связывать фамилию с тюркским «киприк» (ресница) или греческим «Кипрос» (Кипр) — эти версии не выдерживают критики, так как не объясняют суффикс -ин и отсутствие аналогичных форм у соседних народов. Единственная правдоподобная линия — от русского диалектного «киприть». Сегодня фамилия встречается редко, сосредоточена в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает её северно-русское происхождение.