Фамилия Кискаркин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно отбросить современное звучание и обратиться к старым говорам и моделям образования русских прозвищ. Скорее всего, перед нами так называемая «профессиональная» фамилия, связанная с рыбным промыслом.

В основе лежит слово «кискарка» (или «кискарь»). В архангельских и поморских говорах так называли мелкую рыбёшку, обычно снулую или маломерную, которую после сортировки выбрасывали или отдавали на корм. Рыбаки «кискарили» — то есть отбирали мелочь. Человек мог получить прозвище Кискарка, если занимался сортировкой улова, работал на рыбных промыслах или просто был худым и мелким (как та самая рыбка). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Кискарки» или «из семьи Кискаркиных».

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «кискарка» — это пренебрежительное название кошки (от «киска»). Такое прозвище могли дать человеку с кошачьими повадками, либо тому, кто держал много кошек. Однако в ономастике предпочтение отдаётся «рыбной» версии — она лучше вписывается в ряд русских фамилий, образованных от промысловых прозвищ (Рыбкин, Ершов, Карасёв).

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу. Встречается в Архангельской области, Карелии, а также среди староверов, переселявшихся в Сибирь. В дореволюционных метрических книгах Кискаркины фиксировались как государственные крестьяне и мещане — люди, живущие у воды и кормящиеся рекой.

Словообразовательная модель здесь архаичная: основа «кискарк-» + суффикс -ин. Обратите внимание, что суффикс -к- в прозвище был уменьшительно-пренебрежительным, а не просто указательным. То есть носителя изначально не уважали, называли «мелюзгой». Со временем прозвище утратило обидный оттенок и стало фамилией, а потомки уже не связывали её с рыбной мелочью.

Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским языкам, хотя по звучанию может показаться нерусской. Это чисто русское образование на -ин, и его нужно искать в словарях севернорусских говоров, а не в татарских корнях.