Фамилия Кизько образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -ко, который в XVI–XVII веках превращал прозвища и мирские имена в наследственные фамилии. В основе лежит прозвище Кизка — уменьшительно-ласкательная форма от украинского «коза». Буквально Кизка означает «козочка». Такая форма с заменой корневого гласного (коза → кизка) характерна для юго-западных говоров, где «и» на месте «о» встречается в народной речи.

Прозвище Кизка могло иметь несколько значений. Первое — внешнее или поведенческое: подвижного, прыгучего, непоседливого человека в шутку называли козочкой. Второе — обрядово-защитное. У славян коза считалась двойственным символом: с одной стороны, олицетворяла плодородие и жизненную силу, с другой — выступала оберегом от нечистой силы. Давая ребёнку «животное» имя Кизка, родители как бы прятали его под маской зверя, чтобы злые духи не узнали и не навредили. Одновременно через имя надеялись передать младенцу здоровье и резвость, присущие козлёнку.

Не исключено, что в отдельных случаях Кизка было не прозвищем, а мирским именем — дохристианским личным именем, которое давали до крещения или параллельно с крестильным. Такие имена были широко распространены на Украине и в Белоруссии вплоть до XVIII века. Позже, когда прозвище или мирское имя закрепилось за потомками, суффикс -ко оформил его в фамилию Кизько, которая уже не склонялась, а передавалась по наследству в неизменной форме.

Фамилия встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. В России носители Кизько сосредоточены в регионах, куда шли миграционные потоки с Украины в XIX–XX веках: Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье.

С точки зрения словообразования фамилия Кизько — типичный представитель «полуотчества» на -ко, характерного для украинской фамильной системы. По структуре она аналогична фамилиям Козько, Козенко, Козловский, но отличается именно народной, диалектной основой «киз-», что делает её более редкой и локально окрашенной.