Фамилия Кизляковы образована от мирского имени Кизляк. В дохристианской и раннехристианской традиции восточных славян такие имена давали по названиям растений, животных или предметов, и Кизляк — один из примеров этой модели. Кизляком называли травянистое растение наумбургию кистецветную, которое растёт по болотам, в ольшаниках и на сырых берегах рек. Встречается оно в основном в Белоруссии и в некоторых областях России. Человек, носивший прозвище Кизляк, мог получить его либо из-за внешнего сходства с растением (например, за высокий рост или гибкость), либо по месту жительства — у болотистого берега, поросшего кизляком.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: суффикс -ов присоединился к основе Кизляк, и получилось «сын Кизляка» — Кизляков. Такая модель в XV–XVII веках вытеснила более старые формы и стала господствующей у большинства сословий.

Важно не путать эту фамилию с топонимической: она никак не связана с городом Кизляр в Дагестане. В основе лежит именно растение, а не географическое название. Встречается фамилия в центральных и северо-западных регионах России, что совпадает с ареалом распространения кизляка.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кизляко́в, хотя в разных говорах возможны варианты. Стоит также учесть, что в некоторых диалектах кизляком могли называть не только растение, но и кислый, вяжущий на вкус плод или напиток — это добавляет ещё один возможный оттенок прозвища.