Фамилия Кизюта — редкий пример, где основа не укладывается в привычные славянские модели, а сама фамилия звучит скорее по-южному, по-украински или даже по-польски. Судя по суффиксу, перед нами типичная украинская фамилия, образованная от прозвища или имени с помощью окончания -а. Такая модель широко распространена на западе и в центре Украины, где фамилии вроде Кизюта, Лисюта, Васюта не редкость.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от диалектного украинского слова «кизя» или «кизюк». В южных говорах так называли кизяк — спрессованный навоз, который использовали как топливо в безлесных степных районах. Прозвище Кизюта могли дать человеку, который занимался заготовкой или продажей кизяка, либо, в переносном смысле, неопрятному, «грязному» человеку. Менее вероятна, но возможна связь с польским «kiziać się» (пачкаться) или с тюркскими корнями, где «киз» означает «девушка» или «красный» — но эти версии не находят поддержки в географии фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе «Киз-» добавлен суффикс -ют-, характерный для украинских фамилий-прозвищ (ср. Чорнюта, Гаркуша, Кривуля). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Кизюта́, как в большинстве подобных фамилий. В русском языке фамилия могла адаптироваться с ударением на первый слог, но исторически правильным считается южный вариант.

Носители фамилии Кизюта встречаются в основном в центральных и южных областях Украины, особенно в Черкасской, Кировоградской и Полтавской областях. В России фамилия редка, часто встречается у потомков переселенцев из Малороссии. Сословно предки Кизюты, скорее всего, были крестьянами или казаками — в тех краях дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XIX веке фамилия могла писаться через «и» или «ы» (Кызюта) в зависимости от местной диалектной нормы.