Фамилия Кладиенко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Эта модель, широко распространённая в Центральной и Восточной Украине, буквально означает «сын» или «потомок» человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Кладий.

Происхождение прозвища Кладий неоднозначно, и здесь возможны два основных пути. Первый ведёт к нарицательному «кладь» — слову, которым в говорах называли и скирду хлеба, и доски или камни, переброшенные через ручей для перехода. Если следовать этой версии, прозвище мог получить крестьянин, занятый уборкой урожая и складыванием снопов, или же человек, строивший временные мостки и переходы.

Вторая, не менее вероятная версия, отталкивается от глагола «класть». В этом случае Кладием называли строителя, каменщика или печника — того, кто профессионально занимался кладкой кирпича, камня или глины. Такое прозвище, закрепившись за основателем рода, со временем вытеснило его крестильное имя и перешло к детям в форме Кладиенко, то есть «сын Кладия».

Есть и третья, более редкая гипотеза: фамилия Кладиенко могла возникнуть как фонетический вариант от Клавдиенко. В таком случае в основе лежит латинское имя Клавдий (Claudius), означающее «хромой». Однако это объяснение менее убедительно, поскольку переход «в» в безударный «и» (Клавдий → Кладий) в украинской среде встречается нечасто, а вот связь с конкретным занятием — кладкой или укладкой — выглядит более прямой и естественной для прозвища.