Фамилия Клекот — редкий случай, когда у прозвища-основы почти нет морфологических загадок, зато есть несколько совершенно разных смысловых версий. Самая прямая и очевидная отсылает к звукоподражанию: «клекот» — это прерывистые крики, которые издают орлы и другие крупные хищные птицы. Человек, получивший такое прозвище, мог уметь подражать этим звукам, например, для охоты или забавы. Но здесь же кроется и возможная профессиональная подоплёка: Клекотом могли прозвать охотника, который бил птицу на манок, — тогда фамилия указывает на ремесло предка, а не на его голосовые способности.

Вторая группа версий ведёт от глагола «клекнуть» — сохнуть, черстветь, вянуть. Если исходить из этого корня, прозвище описывало характер: либо твёрдый и жёсткий («засохший»), либо, наоборот, вялый и нерешительный. Иногда так говорили и о внешности — старческой сухости, худобе, немощи. Тут значение зависит от того, с какой интонацией прозвище давали: с уважением к твёрдости или с насмешкой над хилостью.

Третья версия — самая неожиданная и региональная. В калужских говорах слово «клек» означало «самое лучшее, отборное; цвет, краса». Если прозвище пошло оттуда, то Клекотом называли видного, статного, красивого парня — то есть «цвет» деревни. Этот вариант показывает, как одно и то же звучание в разных диалектах могло нести противоположные смыслы.

Суффикс -от типичен для прозвищ, образованных от звукоподражаний и качественных характеристик (ср. Гогот, Топот, Шёпот). Фамилия закрепилась в форме чистой основы без дополнительных патронимических суффиксов — такие случаи встречаются реже, чем модели на -ов/-ев, и обычно указывают на то, что прозвище успело устояться как родовое имя ещё в дописьменную эпоху или бытовало в среде, где фамилии складывались не по великорусскому образцу. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, что согласуется с диалектной привязкой калужского «клека».