Фамилия Клеменищев — звонкая, с мощным суффиксом, который сразу выдает её северный или старообрядческий след. В отличие от типовых «-ов» и «-ин», суффикс «-ищев» в русских фамилиях встречается значительно реже. Он указывает на принадлежность к роду по прозвищу, образованному с помощью увеличительного суффикса «-ище». То есть Клеменищев — буквально «сын Клеменища», а Клеменищ — это, скорее всего, не имя, а прозвище человека по имени Клементий (разговорная форма Клемен, Клёма). «-Ище» придавало прозвищу оттенок либо большого роста и силы («Клеменище» — этакий Клементий-великан), либо — что в прозвищах случалось чаще — ироничной громоздкости или нерасторопности. Второй, более бытовой вариант: «Клеменищем» могли назвать человека, который служил у кого-то по имени Клементий, как «большой Клементий» при «малом», но это уже домыслы.

Географически фамилия привязана к северу России. По переписям XVII–XVIII веков Клеменищевы — это крестьяне и посадские люди из-под Вологды, Великого Устюга и Тотьмы. В этих краях суффикс «-ищев» был продуктивен: вспомним фамилии Путищев, Томищев, Анисищев. Это не дворянский род (хотя отдельные ветви могли выслужиться), а чисто крестьянская или купеческая фамилия, где прозвище записывали в документах без ласкательных уменьшений — прямо и грубовато.

Корень «Клемен-» — от канонического имени Клемент (Климент, Клементий), которое в переводе с латыни означает «милостивый, снисходительный». Парадокс: прозвище с увеличительным суффиксом приросло к имени с «мягким» значением. Это частый случай в русской ономастике — внешняя характеристика (здоровяк, верзила) перевешивала смысл самого имени.

В написании фамилия устойчива: через «е» в первом слоге (Клеменищев, а не Клименищев). Это указывает на народную, «акающую» или северную диалектную форму имени. Встречаются единичные варианты Клеменищевский или Клеменищев-Климентов, но это уже искусственные поздние переделки, чаще всего у духовенства. Основная масса Клеменищевых — потомки тех самых крестьян Русского Севера, которые в XVI–XVII веках получили прозвище по отцу или деду, и фамилия закрепилась за родом без изменений.